Estudio fenotípico y molecular en plántulas de camote (Ipomoea batatas L. Lam.) propagadas in vitro Wily Rodrigo Sic Hernández Escuela Agrícola Panamericana, Zamorano Honduras Noviembre, 2019 i ZAMORANO CARRERA DE INGENIERÍA AGRONÓMICA Estudio fenotípico y molecular en plántulas de camote (Ipomoea batatas L. Lam.) producidas in vitro Proyecto especial de graduación presentado como requisito parcial para optar al título de Ingeniero Agrónomo en el Grado Académico de Licenciatura Presentado por Wily Rodrigo Sic Hernández Zamorano, Honduras Noviembre, 2019 iii Estudio fenotípico y molecular de plántulas de camote (Ipomoea batatas L. Lam.) producidas in vitro Wily Rodrigo Sic Hernández Resumen. El aumento de la producción de plántulas de camote in vitro puede ser alcanzada incrementado el número de subcultivos, pero se debe asegurar que las plántulas regeneradas mantengan su pureza genética. Los objetivos de este estudio fueron: 1. Realizar una caracterización fenotípica de las plántulas comerciales de camote producidas in vitro. 2.Optimizar un protocolo de extracción de ADN de plántulas de camote producidas in vitro. 3.Identificar cebadores tipo RAPD para la amplificación de fragmentos de ADN de camote. Se utilizaron plántulas de camote de la variedad Buschbuk regeneradas por organogénesis directa y multiplicada durante cuatro subcultivos, se les extrajo ADN y se realizó la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) utilizando 30 cebadores RAPD. Durante los primeros 10 días de crecimiento in vitro las plántulas presentaron hojas de forma ovada con dos secciones nodales, a los 20 días los órganos se tornaron ligeramente moradas con la presencia de tricomas y a los 30 días desarrollaron raíces adventicias. El protocolo optimizado permite la obtención de ADN de calidad y en concentraciones superiores a 10 ng/µL, para su optimización se estandarizó el peso de la muestra vegetal a 60-70 mg y se realizaron cambios en los ciclos de precipitado y centrifugado. Durante la extracción no se tuvieron problemas con compuestos fenólicos que puedan contaminar la muestra de ADN. Se identificaron 6 cebadores que amplificaron bandas con fragmentos claramente puntuables, de alta intensidad, pero no fueron repetibles, estos cebadores tienen potencial para ser utilizados en estudios de variabilidad genética en camote. Palabras clave: Cebadores, cultivo in vitro, polifenoles, variación somaclonal. Abstract. The increased production of sweet potato seedlings in vitro can be achieved by increasing the number of subcultures, but it must be ensured that the regenerated seedlings keep their genetic purity. The objectives of this study were: 1. Perform a phenotypic characterization of commercial sweet potato seedlings produced in vitro. 2. Optimize a DNA extraction protocol for sweet potato seedlings produced in vitro. 3. Identify primers type RAPD for amplification of sweet potato DNA fragments. Sweet potato seedlings of the Buschbuk variety regenerated by direct and multiply organogenesis, used for four subcultures, DNA was extracted and the Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed using 30 RAPD primers. During the first 10 days of in vitro growth, the seedlings presented oval-shaped leaves with two nodal sections, at 20 days the organs became slightly purple with the presence of trichomes and at 30 days, they developed adventitious roots. The optimized protocol allows obtaining quality DNA and in concentrations higher than 10 ng/µL, for optimizing the weight of the plant sample was standardized to 60-70 mg and changes were made in the precipitate and centrifuge cycles. During the extraction, no problems were presented with phenolic compounds that could contaminate the DNA sample. Six primers were identified that amplified bands with clearly punctuated fragments, of high intensity, but were not repeatable; these primers have the potential to be used in studies of sweet potato genetic variability. Key words: In vitro crop, primers, polyphenols, somaclonal variation. iv CONTENIDO Portadilla………………………………………………………………….............. i Página de firmas……………………………………………………………........... ii Resumen…………………………………………………………………….......... iii Contenido………………………………………………….…………………….... iv Índice de Cuadros y Figuras.……………………………..……….………............. v 1. INTRODUCCIÓN…………………………………………………….................. 1 2. MATERIALES Y MÉTODOS………………………………………………….. 3 3. RESULTADOS Y DISCUSIÓN………………………………………………… 7 4. CONCLUSIONES………………………………………………………………. 18 5. RECOMENDACIONES…………………………………………….………….. 19 6. LITERATURA CITADA……………………………………………………….. 20 v ÍNDICE DE CUADROS Y FIGURAS Cuadros Página 1. Marcadores moleculares RAPD utilizados para amplificar fragmentos de ADN de camote…………………………………………….……………………….…. 6 2. Características fenotípicas típicas de plántulas de camote cultivadas in vitro….. 8 3. Protocolo optimizado para extraer ADN de camote…………………...……...... 10 4. Concentraciones de ADN obtenidas utilizando el protocolo utilizado en el Laboratorio de Biotecnología para la extracción de ADN en frijol …………..... 11 5. Concentraciones de ADN obtenidas con muestras entre 30-40 mg de material vegetal utilizando el protocolo optimizado para extracción de ADN en camote.. 11 6. Concentraciones de ADN obtenidas con muestras entre 60-70 mg de material vegetal utilizando el protocolo optimizado para extracción de ADN en camote... 12 Figuras Página 1. Plantas regeneradas de camote (Ipomoea batatas (L.) Lam.) cv Bushbuck por organogénesis directa. Plántula con 10 (A), 20 (B) y 30 (C) días de crecimiento in vitro………….……………………………………................….…………….... 8 2. Gel de calidad de 15 muestras de ADN extraídas de muestras con 30-40 mg de material vegetal de camote, utilizando el protocolo optimizado……………….... 14 3. Gel de calidad de 15 muestras de ADN extraídas de muestras con 60-70 mg de material vegetal de camote, utilizando el protocolo optimizado............................ 14 4. Productos amplificados de PCR generados por nueve cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote..................................................................................... 15 5. Productos amplificados de PCR generados por nueve cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote.……………...……………………..………………... 15 6. Productos amplificados de PCR generados por nueve cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote………………………………………………………. 16 7. Productos amplificados de PCR generados por tres cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote………………………………………………..……... 17 1 1. INTRODUCCIÓN El camote (Ipomoea batatas L. Lam) es un cultivo de clima tropical, originario de México y Centro América, destacándose a nivel mundial como el séptimo cultivo alimentario más importante en términos de producción (Arguedas et al. 2015). Para la región centroamericana este cultivo es importante para la seguridad alimentaria, debido a su contenido de azúcares, betacarotenos y vitaminas, además de su bajos costo de producción. Para la producción masiva de material de propagación de camote se ha utilizado la propagación in vitro, utilizando las técnicas de cultivo de tejidos. El laboratorio de cultivo de tejidos de Zamorano produce plántulas de camote a partir de organogénesis directa, realizando cuatro subcultivos y produciendo aproximadamente 2,400 plántulas por explante. Una alternativa para incrementar la producción es incrementar el número subcultivos, evitando regresar a la fase de establecimiento, la cual es un punto crítico durante su producción. Sin embargo, existen varios estudios que demuestran que el incremento en el número de subcultivos podría generar variación genética en las plántulas cultivadas (Rodrigues et al 1998; Ray et al. 2006; Krishna et al. 2016). Esta variación es conocida como variación somaclonal y se define como cambios genéticos y epigenéticos observados en plantas regeneradas a partir de cultivo de tejidos (Skirvin et al. 1978; Larkin y Scowcroft 1981; Rodriguez-Enriquez et al. 2011; Bhojwani y Cantu 2013; Sahijram 2015), probablemente como una respuesta al estrés (Cardone et al. 2010; Bairu et al. 2011; Vázquez y Linacero 2010) y provocada por la variabilidad pre-existente de las células del explante (Cardone et al. 2010; Bhojwani y Dantu 2013) y/o inducidas por las condiciones in vitro del laboratorio (Bajaj 1990; Pierik 1997). La variabilidad somaclonal es indeseable cuando el objetivo es la multiplicación de clones de élite (Bhojwani y Dantu 2013), aunque puede ser una fuente de variabilidad que permite generar nuevas variedades con características deseables y ventajas agronómicas. En ambos casos es necesario realizar estudios de caracterización fenotípica, estabilidad y variabilidad genética para determinar su ocurrencia. Esto se logra utilizando la regeneración de plantas in vitro, crecimiento de las plantas en invernadero y pruebas de campo (Tabares et al. 1991). La identificación de variación somaclonal puede ser realizada por estudios fenotipicos y estudios moleculares. Los estudios fenotipicos permiten la identificación de variaciones basados en caracteres como diferencia en la altura de la planta, morfología foliar, susceptibilidad o resistencia a enfermedades, cambios morfológicos en la raíz y cambios en 2 el rendimiento (Bairu et al. 2011). La detección fenotipica de variación somaclonal generalmente es realizada durante la etapa de climatización o ya cuando las plantas se encuentran establecidas en campo; la mayoría de laboratorios comerciales regularmente toman muestras de sus plantas y las cultivan en campo o invernadero para asegurarse que se mantienen las características del cultivar (Skirvin et al. 1994). Por lo que estudios de variación fenotípica y molecular durante el crecimiento in vitro son una alternativa para la detección temprana de variación somaclonal. Para realizar un estudio de variación fenotípica de las plántulas producidas in vitro es necesario conocer el fenotipo típico de las plántulas. Luego se debe corroborar su ocurrencia con estudios moleculares, ya que algunas variaciones son inestables y pueden observarse en etapas juveniles y desaparecer cuando las plantas ya están establecidas en campo (Skirvin et al. 1994). El aislamiento de ADN genómico de alta calidad y en suficiente cantidad es un requisito importante previo a la realización de estudios moleculares (Dabo et al. 1993; Aljanabi et al. 1999; Dhakshanamoorthy y Selvaraj 2009; Alejos-Velázquez et al. 2010). La primera limitante en la extracción de ADN en camote es su alto contenido de polifenoles; de dos a tres veces mayor que en algunos cultivos vegetales comunes (Musilová et al. 2017). Este compuesto dificulta la extracción de ADN. El contenido de estos compuestos en plántulas producidas in vitro aún no es reportado, por lo que no se conoce si es una limitante en la extracción de ADN en este tipo material vegetal. Actualmente se han descrito varios procedimientos de extracción de material genético en plantas con altas cantidades de polifenoles y polisacáridos tales como la purificación por cloruro de cesio, el uso de nitrógeno líquido (John 1992) o polivinilpirrolidona (PVP) (Porebski et al. 1997; Dhakshanamoorthy y Selvaraj 2009), sin embargo, estos protocolos son tediosos o requieren de reactivos costosos y equipos sofisticados. Esto genera la necesidad de generar un protocolo rápido y eficiente para la extracción de ADN en camote, que provea de material genético de alta pureza y en gran cantidad y sea adapte a la tecnología disponible en el Laboratorio de Biotecnología de Zamorano. Otro factor a considerar en estudios de variabilidad genética es la identificación de cebadores que generen bandas de alta intensidad, reproducibles y con fragmentos claramente puntuables. La reproductibilidad de los perfiles amplificados por marcadores moleculares está influenciada por cualquier variación en el método de extracción de ADN, la concentración de ADN, el cebador, la concentración de Taq, la temperatura de recocido, el número de ciclos térmicos y la concentración de MgCl (Gaafar y Saker 2006). Los objetivos de este estudio fueron:  Realizar una caracterización fenotípica de las plántulas comerciales de camote producidas in vitro.  Optimizar un protocolo de extracción de ADN de plántulas de camote producidas in vitro.  Identificar cebadores tipo RAPD para la amplificación de polimorfismo en camote. 3 2. MATERIALES Y MÉTODOS Ubicación. El estudio fue realizado entre los meses de marzo a septiembre del 2019, en los Laboratorios de Cultivo de Tejidos y Laboratorio de Biotecnología de la Escuela Agrícola Panamericana, Zamorano. Honduras, ubicada en el Valle del Yegüare a 30 km de Tegucigalpa, Honduras. Material Vegetal. Se utilizaron plántulas de camote de la variedad Bushbuck producidas in vitro y establecidas a partir de domos meristemáticos. Estas plántulas fueron establecidas en un medio de sales basales de Murashige y Skoog (MS) y multiplicadas en un medio de cultivo de Murashige y Skoog modificada para camote. Durante el establecimiento las plántulas se mantuvieron 20 días en oscuridad completa, seguidos de 5 días sin luz directa y finalmente se expusieron a luz directa durante 43 días previo a su multiplicación. Las condiciones ambientales en la etapa de establecimiento y multiplicación se mantuvieron con una humedad relativa entre 50-60%, a 22-24 °C. Se utilizaron lámparas con luz LED durante 16 horas diarias con una intensidad lumínica de 4 k Lux, con una Radiación Fotosintéticamente Activa (PAR) de 40 µm/m2/s. Desde el establecimiento hasta la primera multiplicación trascurrieron 67 días, luego se realizaron subcultivos cada 21 días, hasta alcanzar el cuarto subcultivo. Caracterización Fenotípica. Se identificaron todas las plantas micropropagadas a partir de un mismo explante y después del establecimiento del cuarto subcultivo se tomaron 10 plántulas cada 10 días de crecimiento in vitro, muestreando un total de 30 plántulas. Se observó el fenotipo de cada planta durante cada semana de crecimiento y se observaron las siguientes características: número de nudos, presencia de raíces adventicias, forma, tamaño y color de las hojas, tamaño de raíces, tamaño de la planta regenerada, color del ápice apical, nervaduras, peciolos y tallo. Optimización del protocolo de extracción de ADN. Las primeras extracciones se realizaron utilizando el protocolo de extracción de ADN para frijol utilizado en el laboratorio de Biotecnología sin ninguna modificación, para identificar puntos críticos que afecten directamente la extracción de ADN en camote. Para optimizar este protocolo en las siguientes extracciones se utilizaron dos cantidades de material vegetal y se realizaron modificaciones principalmente en el tiempo de los ciclos de precipitación y las revoluciones por minuto en los ciclos de centrifugado. 4 Obtención de la muestra foliar. Se cosechó tejido fresco de 60 plántulas de camote (6-8 mitades de hojas jóvenes). Fue necesario definir la cantidad exacta de material vegetal a utilizar; se realizaron 30 extracciones con muestras de 30-40 mg y luego se realizaron otras 30 extracciones con muestras de 60-70 mg. Lisis celular y separación de componentes celulares. A cada muestra se le agregó 50 µL del buffer de extracción (PEX) en un tubo para microcentrífuga eppendorf de 1.5 mL. El tejido se maceró en el tubo usando una barra de plexiglás, se agregaron 450 µL adicionales de buffer PEX y se agitaron en el vortex. Lo más pronto posible (antes de una hora), se colocaron los tubos con las muestras de tejido en baño maría a 65 °C durante 45 minutos. Las muestras se centrifugaron durante 10 minutos inicialmente a 14,000 RPM (alta velocidad) usando una microcentrífuga para concentrar los residuos de tejido (pellet); pero no se logró una adecuada separación de los sólidos por lo que las revoluciones por minuto se incrementaron paulatinamente. El sobrenadante se transfirió a un tubo eppendorf de 1.5 mL limpio. Degradación de proteínas y precipitación de ácidos nucleicos. Se precipitaron los ácidos nucleicos llenando los tubos con una mezcla 6:1 de etanol: acetato de amonio 7.5 M. El contenido se mezcló invirtiendo los tubos y se dejaron precipitar por 30 min a temperatura ambiente. Se agitaron los tubos manualmente para romper el precipitado. Se peletearon los ácidos nucleicos precipitados, centrifugando las muestras a 3,000 RPM (baja velocidad) durante 10 minutos en una microcentrífuga. Se eliminó el sobrenadante. Degradación de ARN y extracción de contaminantes. Agregando a los tubos con los pellets 300 µL de RNAas A (concentración de 100 µL/mL) + buffer TE 0.1X (juntas): se agitaron los tubos manualmente y se incubaron en baño maría a 37 °C por 1 hora. Luego se centrifugaron las muestras a >14,000 RPM por 1 minuto, para peletizar los residuos de tejido remanentes. El tiempo de centrifugado se fue aumentando paulatinamente hasta que los tejidos remanentes quedaron completamente separados. Se transfirió el sobrenadante a un tubo de microcentrífuga limpio de 1.5 mL. Precipitado de ADN. Se precipitó el ADN llenando los tubos con una mezcla 10:1 de etanol: acetato de sodio 3M. Se mezclaron invirtiendo los tubos y se precipitaron a temperatura ambiente por un tiempo no mayor a 30 minutos. Se agitaron los tubos manualmente para romper el precipitado, antes de proceder a peletearlo. Se centrifugaron las muestras por 5 minutos a 3,000 RPM para peletizar el ADN. El tiempo de centrifugado se fue aumentando paulatinamente hasta que el sobrenadante haya quedado completamente separado. Se vació el etanol/acetato de sodio y se lavaron los pellets llenando los tubos con 70% etanol; se agitaron manualmente. Los pellets se colectaron centrifugando los tubos por 15 segundos a 14,000 RPM. El tiempo de centrifugado se fue aumentando paulatinamente, hasta que no se observara sobrenadante en la solución. Se vació el etanol y se dejaron secar los pellets invirtiendo los tubos sobre papel toalla (2-3 horas o de un día a otro). Hidratación de ADN. Se agregaron 50 µL de buffer TE 0.1X a los tubos con el pellet. Se agitaron en el vórtex y se colocaron en baño maría a 65 °C durante 15 min. 5 Cuantificación de ADN. Se utilizó el equipo “QuantiFluor® ONE ds DNA System en el fluorómetro QuantusTM Fluorometer” de la marca Promega. Se utilizaron tubos de 0.5 mL para cada muestra de ADN, agregándoles una mezcla de 199 µL de buffer TE 1X más 1 µL de ADN. Adicionalmente a las muestras de ADN se preparó una nuestra blanca y otra estándar para calibrar el equipo y determinar la concentración de ADN. Determinación de la calidad del ADN. Para determinar la calidad de ADN extraído se realizó electroforesis en gel de agarosa. Se mezclaron 5 µL de ADN genómico con 2 µL de buffer de carga 6X. La mezcla se colocó en un gel de agarosa al 1.5% con una solución tampon TE 0.5X. El gel de agarosa se tiñó con una solución 1:10 de SYBR® Green. La migración de ADN se realizó a 100 voltios durante 1 hora 45 minutos en una bandeja de electroforesis horizontal. El resultado final se visualizó en el transluminador BENCHTOP 2UVTM TRANSILLUMINATORS para verificar la integridad del ADN. Identificación de cebadores RAPD amplificables para camote. Dilución del ADN. Las muestras de ADN extraídas se diluyeron a una concentración final de 10 ng/µL, con buffer TE 0.1X; concentración requerida por los marcadores RAPD. La fórmula utilizada fue: Volumen1×Concentración1= Volumen2×Concentración2. Amplificación del ADN. Se realizó la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando 30 cebadores RAPD (Cuadro 1) utilizados en el Laboratorio de Biotecnología de Zamorano para amplificar de fragmentos de ADN de cultivo de frijol. En un tubo para PCR se realizó la mezcla maestra agregando 3.4 µL de dd H2O, 1.5 µL de PCR buffer 5X Green y 1.5 dNTP´S sin MgCl2, se mezclaron con ayuda de una micropipeta. Se agregaron 0.6 µL de cebador (F), 0.5 µL de Taq polimerasa y 7.5 µL del ADN a una concentración de 10 ng/µL, se mezclaron de nuevo. A las muestras se les agregó una gota de aceite mineral y se sellaron con papel aluminio adhesivo para evitar evaporación. La amplificación se realizó en el termociclador TECHNE TC-512 con un ciclo de desnaturalización inicial a 95 °C durante 1 min, seguida de 35 ciclos de: 45 segundos de desnaturalización a 94 °C, 30 segundos de acoplamiento a 35 °C, 1 minuto 15 segundos de extensión a 72 °C, seguidos por un ciclo de extensión final a 72 °C durante 5 minuto y el mantenimiento a 15 °C. Visualización de ADN. El producto de la PCR se visualizó mediante la técnica de electroforesis, utilizando geles de agarosa al 1.5% en una solución tampon TE 0.5X (Tris- HCL, pH de 7.4; con ácido bórico, EDTA) en pozos para electroforesis. El gel de agarosa se tiñó con una solución 1:10 de SYBR® Green, este compuesto se asocia a la molécula de ADN introduciéndose en la estructura secundaria de la doble hélice y acoplándose a los ácidos nucleicos para aumentar la tasa de fluorescencia en el transiluminador. Las bandas fueron separadas a 100 voltios durante 1 h 45 min en una bandeja de electroforesis horizontal. El tamaño de los fragmentos de ADN identificados se determinó utilizando una escalera molecular de 100 pares de bases. 6 Cuadro 1. Marcadores moleculares RAPD utilizados para amplificar fragmentos de ADN de camote. Cebador Secuencia OPA-02 TGCCGAGCTG OPAC-15 TGCCGTGAGA OPB-10 CTGCTGGGAC OPB-15 GGAGGGTGTT OPC-04 CCGCATCTAC OPC-11 AAAGCTGCGG OPD-08 GTGTGCCCCA OPF-13 GGCTGCAGAA OPG-03 GAGCCCTCCA OPG-05 CTGAGACGGA OPG-06 GTGCCTAACC OPG-08 TCACGTCCAC OPH-04 GGAAGTCGCC OPH-08 GAAACACCCC OPH-20 GGGAGACATC OPI-16 TCTCCGCCCT OPO-05 CCCAGTCACT OPO-13 GTCAGAGTCC OPO-19 GGTGCACGTT OPP-09 GTGGTCCGCA OPQ-09 GGCTAACCGA OPQ-14 GGACGCTTCA OPR-02 CACAGCTGCC OPT-07 CCTCTCGACA OPT-15 GGATGCCACT OPU-01 ACGGACGTCA OPU-19 GTCAGTGCGG OPV-10 GGACCTGCTG OPW-13 CACAGCGACA OPY-06 AAGGCTCACC 7 3. RESULTADOS Y DISCUSIÓN Caracterización fenotípica de plántulas de camote producidas in vitro. La producción de camote inició con el establecimiento de domos meristemáticos por organogénesis directa. La multiplicación se realizó con segmentos nodales. La formación de raíces se observó a partir del tercer y cuarto día del establecimiento y el crecimiento de los brotes a partir del quinto día. Diez días después de la multiplicación se observaron plántulas de 0.71 cm con dos segmentos nodales; las hojas y ápice apical presentaron color verde, el peciolo de la hoja inferior presentó una coloración morada y la de la hoja superior una coloración verde, los lóbulos de las hojas aún no se encontraban definidas y mantenían una forma ovada, las nervaduras de las horas de color verde claro, el tallo es ligeramente morado y desarrollo entre 2 a 3 brotes radiculares (Figura 1). Cuando las plántulas cumplieron 20 días de crecimiento in vitro se observó un incremento en el número de raíces y brotes laterales (Cuadro 2). Los colores de los órganos no cambiaron bruscamente; las hojas mantuvieron su color verde con nervaduras verde claro y con forma ovada, el ápice apical se tornó de color morado y se diferenció del tallo que cambió a color verde, los peciolos de las hojas superiores se tornaron ligeramente morado y la de las hojas inferiores de color verde. También se observó el crecimiento de tricomas, agrupadas principalmente en el peciolo y las hojas. Con 30 días de crecimiento in vitro las plántulas presentaron un crecimiento más acelerado, se duplicó el tamaño de la plántula y las raíces tuvieron un mayor crecimiento lateral. El ápice apical, los peciolos, nervaduras y bordes de las hojas superiores se tornaron de color morado, el tallo y peciolo de las hojas inferiores mantenía su color verde. Se incrementó el número de segmentos nodales y se observó el crecimiento de raíces adventicias de color blanco en la parte media de las plántulas. Las hojas de la parte superior presentaban una forma cordada y eran de mayor tamaño que las hojas inferiores, que aún mantenían pubescencia y su forma ovoide. 8 Figura 1. Plantas regeneradas de camote (Ipomoea batatas (L.) Lam.) cv Bushbuck por organogénesis directa. Plántula con 10 (A), 20 (B) y 30 (C) días de crecimiento in vitro. Cuadro 2. Características fenotípicas típicas de plántulas de camote cultivadas in vitro. Para la producción comercial de plántulas se realizan cuatro subcultivos, obteniendo aproximadamente 2,400 plántulas a partir un explante establecido. Estas plántulas son adquiridas y producidas por agricultores externos a Zamorano. Durante su producción en campo las plántulas no muestran ningún indicio de variación somaclonal y los agricultores están satisfechos con los rendimientos obtenidos. Considerando los resultados observados en campo, el Laboratorio de Cultivo de Tejidos podría incrementar el número de subcultivos. Esto permitiría producir una mayor cantidad de plantas en menor tiempo, ya que no se tendría que iniciar desde el establecimiento del domo meristemático, permitiendo un incremento en sus ingresos. Sin embargo, para incrementar el número de subcultivos el laboratorio de cultivo de tejidos debe asegurar la pureza genética de las plántulas producidas in vitro. Parámetro Días 10 20 30 Tamaño de la plántula (cm) 0.71 ± 0.22 2.42 ± 0.64 5.33 ± 1.06 Largo de la hoja (cm) 1.22 ± 0.37 1.42 ± 0.27 1.88 ± 0.19 Ancho de la hoja (cm) 0.66 ± 0.10 0.9 ± 0.16 1.14 ± 0.14 Tamaño del peciolo (cm) 0.66 ± 0.13 1.15 ± 0.17 1.80 ± 0.15 Tamaño de la raíz (cm) 10.95 ± 1.52 16.83 ± 2.83 18.28 ± 2.09 No. nudos 2.00 ± 0.5 4.00 ± 1.32 7.00 ± 0.44 Peso (mg) 0.13 ± 0.05 0.43 ± 0.17 0.73 ± 0.12 A B C 9 Se han desarrollado varios estudios del comportamiento de las plantas regeneradas in vitro, en estos estudios las plantas regeneradas son transferidas a invernadero y posteriormente trasplantadas a campo, en campo realizan evaluaciones del fenotipo de las plantas, midiendo variables como la cobertura de la planta, forma, color, tamaño y pigmentación de la hoja, tamaño y color de la raíz, habito de crecimiento, habito de floración y defectos en la raíz. Un estudio de evaluación agronómica de la variación somaclonal en camote reporta la aparición de 50 plantas con variaciones somaclonales morfológicas, identificadas visualmente, de 100 plantas regeneradas por organogénesis directa (Delgado-Paredes et al. 2017), la característica con mayor variabilidad fue la longitud del entrenudo. Otro estudio realiza mediciones de variaciones en el tipo de hoja, color de la vena, color del peciolo, color de la piel de la raíz, forma de la raíz y sabor después de vapor, para producir mutantes útiles por irradiación crónica, sus resultados demuestran la aparición de mutantes con alteración del color de la raíz (de amarillo a anaranjado) y el rendimiento (de 218. 8 g a 646.9 g) (Wang et al. 2007). También se han realizado estudios de las plantas aún en laboratorio, uno de estos estudios se basa en la evaluación fenotípica para detectar variación somaclonal de plántulas regeneradas en condiciones de estrés por salinidad, evaluando parámetros: número de raíces, longitud de raíces, condición de hoja y raíz) obteniendo una variación significativa en la tolerancia a salinidad entre las plantas regeneradas y las de control (Anwar et al. 2010). Algunos cambios genéticos son difíciles de observar a nivel morfológico o fisiológico debido a la diferencia estructural en el producto génico que no altera su actividad biológica lo suficiente para producir un fenotipo diferente, a pesar de no observar cambios bruscos o anomalías en la morfología no se niega la posibilidad de variaciones genéticas. Además, la identificación fenotípica de campo se ve fuertemente afectada por factores ambientales y pueden no reflejar la verdadera composición genética de la planta (Mandal et al. 2001). Realizar un estudio de variabilidad fenotípica de las plántulas producidas in vitro permitiría la detección temprana de anormalidades que podrían implicar variación somaclonal. Protocolo optimizado para la extracción de ADN en plántulas de camote producidas in vitro. Se optimizó el protocolo para extracción de ADN en cultivo de camote, se cosechó entre 60-70 miligramos de material vegetal, se le agregó 50 µL del buffer de extracción (PEX) en un tubo para microcentrífuga eppendorf de 1.5 mL. Se maceró el tejido en el tubo eppendorf usando una barra de plexiglás de laboratorio. Se le agregó 450 µL adicionales de buffer PEX y se agitó en el vortex. El tubo con la muestra de tejido se incubó en baño maría a 65 °C durante 45 minutos. Se centrifugó la muestra durante 10 minutos a 15,000 RPM (alta velocidad) para concentrar los residuos de tejido (pellet). El sobrenadante se transfirió a un tubo eppendorf de 1.5 mL limpio. Para precipitar los ácidos nucleicos se agregó 1,000 µL de una mezcla 6:1 de etanol: acetato de amonio 7.5 M. Se mezcló invirtiendo el tubo y se dejó precipitar por 30 min a temperatura ambiente. Se agitó el tubo manualmente para romper el precipitado y se peletearon los ácidos nucleicos precipitados, centrifugando la muestra a 3,000 RPM (baja velocidad) durante 10 minutos en una microcentrífuga. Se eliminó el sobrenadante. 10 El tubo con el pellet se le agregó 300 µL de RNAas A (concentración de 100 µL/mL) + buffer TE 0.1X (juntas), se agitó manualmente y se incubó en baño maría a 37 °C por 1 hora. La muestra se centrifugó a 15,000 RPM por 3 minutos para peletizar los residuos de tejido remanentes. Se transfirió el sobrenadante a un tubo limpio de microcentrífuga de 1.5 mL y se precipitó el ADN agregando 1,000 µL de una mezcla 10:1 de etanol: acetato de sodio 3M. La muestra se mezcló invirtiendo manualmente el tubo y se dejó precipitando a temperatura ambiente por 10 minutos. Se agitó el tubo manualmente para romper el precipitado, antes de proceder a peletearlo. La muestra se centrifugó por 10 min a 3,000 RPM para peletizar el ADN, luego se vació el etanol/acetato de sodio y se lavó el pellet agregando 1,000 µL de etanol al 70%; se agitó manualmente. Finalmente se colectó el pellet centrifugando la muestra por 1 minuto a 14,000 RPM y se vació el etanol. Se dejó secar el pellet, invirtiendo el tubo sobre papel toalla durante 3 horas, antes de su hidratación. Extracción de ADN. Al extraer ADN de camote, utilizando el protocolo de extracción de ADN de frijol utilizado por el Laboratorio de Biotecnología sin ninguna modificación se obtuvieron concentraciones inferiores a 10 ng/µL (Cuadro 4), el cual es insuficiente para ser utilizado en la reacción en cadena de la polimerasa utilizando el marcador RAPD que requiere de 10 ng/µL. Durante el desarrollo del protocolo se observó que los tiempos y revoluciones de centrifugado eran insuficientes para separar la fase sólida de la líquida o para centrifugar el sobrenadante (pellet) de la solución. También el protocolo implicaba la espera de largos periodos de tiempo o no especificaba un tiempo de espera determinado, por lo que se establecieron tiempos definidos en algunos pasos (Cuadro 3). Cuadro 3. Protocolo optimizado para extraer ADN de camote. Pasos Protocolo de frijol Protocolo optimizado Parámetro Tiempo Parámetro Tiempo Baño maría con PEX 65 °C 30-60 min 65 °C 45 min Centrifugación 1 14000 RPM 10 min 15000 RPM 10 min Precipitado con Acetato de amonio T° ambiente 30 min T° ambiente 30 min Centrifugación 2 3,000 RPM 10 min 3,000 RPM 10 min Baño maría con ARNasa 37 °C 60 min 37 °C 60 min Centrifugación 3 14,000 RPM 1 min 15,000 RPM 3 min Precipitado con Acetato de sodio T° ambiente <30 min T° ambiente 10 min Centrifugación 4 3,000 RPM 5 min 3,000 RPM 10 min Centrifugación 5 14,000 RPM 15 seg 14,000 RPM 1 min 11 Cuadro 4. Concentraciones de ADN extraídas utilizando el protocolo utilizado en el Laboratorio de Biotecnología para la extracción de ADN en frijol. Material Vegetal. El protocolo de extracción de ADN en frijol utilizado en el laboratorio de Biotecnología indica que se debe tomar entre seis y ocho mitades de hojas jóvenes, sin embargo, no se considera el tamaño de las hojas. Para determinar la cantidad correcta de la muestra se tomaron dos cantidades de material vegetal: 30-40 y 60-70 mg. La cantidad de material vegetal utilizado determina la concentración de ADN extraído, sin embargo, se desconocía la presencia de algún compuesto; como los fenoles, que pudiera afectar el proceso, por lo que utilizó dos cantidades de material vegetal. Las muestras con 30-40 mg de material vegetal produjeron entre 4.09 a 98 ng/µL (Cuadro 5) con una media de 30.6 ng/µL y una desviación estándar de 19.54 ng/µL, mientras que las muestras con 60-70 mg de material vegetal produjeron concentraciones entre 10 y 93 ng/µL (Cuadro 6), con una media de 40.9 ng/µL y una desviación estándar de 23.04 ng/µL. Las muestras con mayor concentración de ADN probablemente tuvieron un alto macerado lo que puede explicar la desviación estándar. Sin embargo, el grado de maceración en cada muestra es difícilmente controlable cuando se manejan gran cantidad de muestras. Existen otros contaminantes asociados con el ADN de las plantas que causan dificultades en su extracción: compuestos polifenoles, polisacáridos y ARN (Joves et al. 1995). El contenido de polisacáridos, genera una solución de ADN viscoso e impuro, incapaz de amplificarse en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), debido a la inhibición de la Taq polimerasa (Fang et al. 1992). Cuadro 5. Concentraciones de ADN obtenidas con muestras entre 30-40 mg de material vegetal utilizando el protocolo optimizado para extracción de ADN en camote. No. Muestra Concentración (ng/µL) No. Muestra Concentración (ng/µL) No. Muestra Concentración (ng/µL) 1 11 11 27 21 20 2 25 12 98 22 10 3 26 13 36 23 35 4 32 14 4.09 24 20 5 44 15 23 25 21 6 42 16 16 26 6.4 7 23 17 29 27 28 8 27 18 34 28 30 9 47 19 9.6 29 18 10 66 20 58 30 52 Muestra Concentración (ng/µL) 1 1.160 2 0.793 3 0.241 4 3.720 5 0.896 6 10.000 12 Cuadro 6. Concentraciones de ADN obtenidas con muestras entre 60-70 mg de material vegetal utilizando el protocolo optimizado para extracción de ADN en camote. No. Muestra Concentración (ng/µL) No. Muestra Concentración (ng/µL) No. Muestra Concentración (ng/µL) 1 74 11 22 21 25 2 57 12 27 22 42 3 74 13 12 23 38 4 58 14 16 24 36 5 93 15 10 25 27 6 64 16 12 26 38 7 50 17 19 27 32 8 69 18 20 28 72 9 31 19 16 29 43 10 77 20 30 30 45 Lisis celular y separación de componentes celulares. Para extraer los componentes celulares se utilizó buffer de extracción PEX; otros protocolos utilizan nitrógeno líquido y las muestras son maceradas en un mortero pre enfriado (Jarret y Austin 1994; Tel-Zur et al. 1999; Elameen et al. 2008). El objetivo principal es la ruptura de tejidos y paredes celulares para liberar los componentes celulares. Para la extracción de los componentes celulares es necesario que ocurra lisis celular, para favorecer la lisis celular las muestras son incubadas en baño maría; el protocolo utilizado en el Laboratorio de Biotecnología recomiendo una temperatura de 65 °C durante 30-60 min, otros estudios reportan temperaturas de 60 °C durante el mismo rango de tiempo (Doyle y Doyle 1990; He et al. 1995; Villordon y LaBonte 1996), por lo que el tiempo de incubación se estandarizó a 45 min manteniendo la temperatura de 65 °C. El centrifugado también es importante para la separación de la fase sólida de la líquida, la primera prueba se realizó con 14,000 RPM tal como lo indica el protocolo utilizado por el Laboratorio de Biotecnología, sin embargo, al finalizar el tiempo de centrifugado ambas fases no estaban completamente separadas por lo que las revoluciones por minuto se incrementaron a 15,0000, manteniendo el tiempo, otros autores reportan menos revoluciones de 2,000 RPM durante 10 min, pero a una temperatura de 4 °C (Wilson et al. 1992). Degradación de proteínas y precipitación de ácidos nucleicos. El primer ciclo de centrifugación además de permitir la separación de la fase sólida de la líquida, también provoca una lisis celular que permite la extracción de los componentes celulares. Los ácidos nucleicos se encuentran disueltos entre los componentes celulares y para precipitarlos se utilizó una mezcla 6:1 de etanol: acetato de amonio 7.5 M. Otros protocolos utilizan un buffer de aislamiento compuesto por 50mM Tris/HCl con pH 8, 25 mM EDTA con pH 8, 0.35 mM sorbitol, 5% (PVP-40) polivinilpirrolidona, 1% de bisulfito de sodio y 0.2% de 2- mercaptoetanol (Wilson et al. 1992; Dabo et al. 1993; Villordon y LaBonte 1996). El uso de polivinilpirrolidona (PVP) es capaz de eliminar los compuestos fenólicos de la muestra; esta forma enlaces de hidrógeno con lactonas de látex, lactucina y otros compuestos fenólicos y coprecipita con los desechos celulares al momento de la lisis (Rogers y Bendich 1987; Michiels et al. 2003) El tiempo que el buffer de extracción está en contacto con la 13 solución puede determinar la cantidad de ácidos nucleicos precipitados por lo que el tiempo del primer ciclo de precipitado se mantuvo por 30 min. Finalmente, para separar los ácidos nucleicos precipitados de la solución es necesario peletearlos, centrifugando las muestras a una baja velocidad, siguiendo con el protocolo utilizado en el Laboratorio de Biotecnología se observó un adecuado pelleteado de los ácidos nucleicos, observándose una masa ligeramente viscosa adherida al tubo eppendorf, por lo que no se realizó ninguna modificación en el segundo ciclo de centrifugado. Revoluciones por minuto y tiempo de centrifugado similares son reportados por otros estudios (Wilson et al. 1992), mientras que otros reportan un tiempo de centrifugado de hasta 10,000 RPM durante 10 min (Tel-Zur et al. 1999). Degradación de ARN y extracción de contaminantes. Un contaminante generalmente presente en preparaciones de ADN es el ARN (Rocha-Salvarrieta 2002). La degradación de esta molécula se logra por incubación con la enzima ARNasa. El tiempo de incubación con esta enzima no fue modificado, solo algunos estudios mencionan el uso de ARNasa en sus protocolos de extracción de ADN (Zhan et al. 2004). El tiempo del tercer ciclo de centrifugado para la eliminación de estos residuos remanentes se aumentó a 3 min para obtener muestras más limpias; tal como lo recomienda el protocolo del utilizado en el Laboratorio de Biotecnología para el cultivo de frijol. La mayoría de estudios utilizan protocolos se enfocan en la inhibición de enzimas que destruyen el ADN (ADNasas), para lograr eliminar estas enzimas utilizan solventes orgánicos (fenol y cloroformo), con antioxidantes (Ditiothreitol y B-mercaptoetanol), con agentes quelatantes (EDTA, EGTA) que capturan los iones de magnesio necesarios para la funcionalidad de las ADNasas, además de la desnaturalización por calor. Precipitado de ADN. Después que son eliminados los lípidos y proteínas, se recupera el ADN adicionado etanol y soluciones con altas concentraciones de iones de sodio o amonio. El protocolo del Laboratorio de Biotecnología recomienda que el tiempo de precipitado no sea mayor a 30 min, por lo que el tiempo se estandarizó a 10 min y el tiempo de centrifugado aumentó de 5 a 10 min. Otros protocolos realizan la extracción de contaminantes en dos pasos; en un segundo paso precipitan el ADN utilizando tiempo de centrifugado de 20 min a 10,000 RPM a 4 °C (Tel-Zur et al. 1999). Finalmente, para colectar el material genético el tiempo de centrifugado se aumentó a 1 min para asegurar la formación del pellet. Determinación de la calidad del ADN extraído. El gel de calidad mostró que las 30 muestras de ADN extraído de 60-70 mg de material vegetal mostraron bandas discretas. Una banda discreta muestra la presencia de ADN integro en la mayoría de bandas, algunas muestras (Figura 2 y 3) mostraron una leve pérdida de definición, esto indica un bajo nivel de degradación de las muestras. No se observó estelas o smear a lo largo de las bandas observadas. 14 Figura 2. Gel de calidad de 15 muestras de ADN extraídas de muestras con 30-40 mg de material vegetal de camote, utilizando el protocolo optimizado. Figura 3. Gel de calidad de15 muestras de ADN de 60-70 mg de material vegetal de material vegetal de camote, utilizando el protocolo optimizado. Selección de cebadores RAPD para la amplificación de fragmentos de ADN en camote. En el primer gel de electroforesis muestra bandas amplificadas entre 300 y 1000 pb, todos los marcadores fueron repetibles con excepción al OPO-05 que únicamente mostró un fragmento de la planta A. La intensidad de cada banda fue variable y no todos los fragmentos son claramente puntuables, los mejores resultados se obtuvieron con los marcadores OPR-02, OPH-20 y OPP-09, es decir las bandas 7-8, 11-12 y 15-16 respectivamente (Figura 4). EM 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 EM EM 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 EM 15 Figura 4. Productos amplificados de PCR generados por nueve cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote. El segundo gel de electroforesis (Figura 5) muestra bandas amplificadas entre 300 y 1000 pb, únicamente amplificaron los cebadores OPU-01, OPA-02, OPG-03, OPH-04 OPC-04 y OPT-07 pero ninguno de estos fue reproducible. Las únicas bandas con un fragmento claramente puntuable fueron las generadas por los cebadores OPG-03 y OPH-04. Todas las bandas mostraron una intensidad baja o demasiado débil, con excepción a la banda 10 que mostró un fragmento con alta intensidad. Figura 5. Productos amplificados de PCR generados por nueve cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote. E M O P I- 1 6 O P I- 1 6 O P O -0 5 O P O -0 5 O P O -1 3 O P O -1 3 O P R -0 2 O P R -0 2 O P C -1 1 O P C -1 1 O P H -2 0 O P H -2 0 O P O -1 9 O P O -1 9 O P P -0 9 O P P -0 9 O P Q -0 9 O P Q -0 9 E M E M O P U -0 1 O P U -0 1 O P A -0 2 O P A -0 2 O P G -0 3 O P G -0 3 O P H -0 4 O P H -0 4 O P C -0 4 O P C -0 4 O P G -0 5 O P G -0 5 O P G -0 6 O P G -0 6 O P Y -0 6 O P Y -0 6 O P T -0 7 O P T -0 7 E M 16 El quinto gel de electroforesis (Figura 6) presenta bandas amplificadas entre 300 a 1000 pb, este gel presentó la menor cantidad de bandas amplificación. Los cebadores OPH-08, OPB- 10 y OPW-13 mostraron bandas con una intensidad débil, sin embargo, es importante considerar que el cebador OPB-10 es el único reproducible al mostrar fragmentos en ambas plantas. El cebador OPF-03 amplificó únicamente para la planta A, mostrando fragmentos claramente puntuables y de intensidad media. Figura 6. Productos amplificados de PCR generados por nueve cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote. Los últimos cebadores amplificados en el gel de electroforesis (Figura 7) mostraron el mismo patrón que las anteriores, con bandas con amplificadas entre 300 y 1000 pb, de baja intensidad y no reproducibles. Los cebadores OPD-08 y OPV-10 mostraron bandas con fragmentos claramente puntuables, pero de baja intensidad y no reproducibles. Los marcadores RAPD han sido utilizado en numerosos estudios de variación somaclonal y algunos autores recomiendan su uso (Jarret y Austin 1994; Lin et al. 2009; Mahmud et al. 2015), por lo que se debe evaluar el uso de otros cebadores comúnmente utilizados en camote. El contraste con los resultados obtenidos se debe a que se utilizó el protocolo de amplificación de PCR para el genoma de frijol utilizado en el Laboratorio de Biotecnología. Para que las bandas sean reproducibles se debe estandarizar un protocolo de PCR específico (Velasco-Ramírez et al. 2014) para los cebadores RAPD para amplificar el genoma del camote. E M O P H -0 8 O P H -0 8 O P B -1 0 O P B -1 0 O P F -0 3 O P F -0 3 O P W -1 3 O P W -1 3 O P Q -1 4 O P Q -1 4 O P B -1 5 O P B -1 5 O P T -1 5 O P T -1 5 O P A C -1 5 O P A C -1 5 O P U -1 9 O P U -1 9 E M 17 Figura 7. Productos amplificados de PCR generados por tres cebadores en dos plántulas micropropagadas de camote. Los cebadores OPR-02, OPH-20, OPP-09, OPG-03, OPH-04, OPF-03 y OPD-08 mostraron bandas con fragmentos claramente puntuables, de alta intensidad, pero no fueron repetibles. Esto confirma que el marcador tipo RAPD es de baja repetibilidad. Los cebadores RAPD utilizados mostraron una amplificación entre 300 y 1000 pares de bases, 6 de ellos no amplificaron, solo uno mostró bandas en ambos genotipos, y los otros 23 mostraron bandas de intensidad media-alta, con algunos fragmentos claramente puntuables. Estos resultados se deben a que los 30 cebadores utilizados son comúnmente utilizados para la amplificación de fragmentos de ADN en frijol, sin embargo, algunos amplificaron en ADN de camote. Esta amplificación se debe a que los cebadores RAPD utilizan secuencias de ADN corto que le permite identificar fragmentos complementarios en el genoma, al ser fragmentos cortos existe la probabilidad de que coincidan con el genoma de diversas plantas. Por ejemplo, los cebadores OPG-03 y OPH-04 fueron utilizados en un estudio de pureza genética de plantas de palma micropropagadas in vitro (Kumar et al. 2010), en donde amplificaron seis y ocho bandas respectivamente. El cebador OPD-08 también fue utilizado en un estudio de polimorfismo de maíz (Vivodík et al. 2018), en donde muestra la amplificación de ocho bandas. El cebador OPC-04 también fue utilizado en un estudio de análisis de estabilidad genética en banano propagado por cultivo de tejidos (Bhalang et al. 2018) y otro de evaluación de variación somaclonal en papa (Munir et al. 2011). Los cebadores OPA-02, OPG-06 y OPG-05 fueron utilizados en un estudio de variación somaclonal en caña (Tawar et al. 2008). E M O P D -0 8 O P D -0 8 O P G -0 8 O P G -0 8 O P V -1 0 O P V -1 0 E M 18 4. CONCLUSIONES  Se caracterizó el fenotipo típico de las plántulas de camote producidas in vitro.  Se optimizó un protocolo para la extracción de ADN de plántulas de camote producidas in vitro, obteniendo concentraciones adecuadas y de buena calidad.  Se observaron seis cebadores RAPD con potencial para amplificar fragmentos de ADN de camote. 19 5. RECOMENDACIONES  Realizar un estudio de variación somaclonal de las plántulas de camote obtenidas después del cuarto subcultivo de micropropagación.  Optimizar un protocolo de la reacción en cadena de la polimerasa para los seis cebadores identificados en este estudio.  Utilizar cebadores comúnmente utilizados para la amplificación de ADN en camote.  Utilizar el protocolo optimizada para extracción de ADN en camote para estudios moleculares de camote. 20 6. LITERATURA CITADA Alejos-Velázquez LP, Aragón-Martínez MC, Cornejo Romero A. 2010. Estracción y putificación de ADN. En: Cornejo-Romero A, Serrato-Díaz A, Rendón-Aguilar B, Rocha-Munive MG, editores. Herramientas moleculares aplicada en ecología: aspectos teóricos y prácticos. Distrito Federal: SEMARNAT. p. 1-25. Aljanabi SM, Forget L, Dookun A. 1999. An improved and rapid protocol for the isolation of polysaccharide -and Polyphenol- free sugarcane DNA. 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